350 篇论文
进化生物学探索生命如何随时间变化与适应，揭示从微小基因变异到复杂物种形成的奇妙旅程。在这里，我们关注生命之树的生长脉络，解读自然选择如何塑造地球上纷繁多样的生物形态。
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下方为您呈现近期在进化生物学领域发布的最新研究论文。
本文介绍了 IQ-TREE 3 中的一项新功能 PartitionFinder-mAIC，该功能利用边际赤池信息准则（marginal Akaike Information Criterion）来选择更高效的分区方案，从而实现比传统的 AIC 和 BIC 方法更少的分区数量以及更高的系统发育推断准确度。
通过分析 126 种灵长类动物的趋同氨基酸替换，本研究确定了长寿与雄性生育力之间显著的遗传联系，揭示了与雄性生殖生物学相关的基因是寿命进化的关键驱动因素。
本研究表明，在辣椒属（*Capsicum*）和拟南芥（*Arabidopsis*）基因组中，NLR DNA拷贝的扩张速度超过了预测的编码完整拷贝的积累速度，揭示了一种一致的亚线性缩放关系，这凸显了在进行准确的免疫基因库分析时，将编码状态与拷贝数共同考虑的重要性。
本文开发并验证了一个基于有效迁移率的新型分析框架，用于预测多基因趋异选择如何塑造大陆-岛屿模型中的基因组分化模式与生殖隔离模式，从而为推断基因流障碍的遗传结构提供改进的工具。
该论文介绍了 antiGen，这是一种利用系统发育树来准确预测包括 SARS-CoV-2、流感和登革热在内的多种病原体未来病毒突变的机器学习模型，从而增强大流行准备工作并促进治疗药物的开发。
本研究评估了 SNaQ 在非 1 级系统发育网络上的表现，结果表明，尽管它无法恢复重叠网状结构的精确拓扑结构，但它能可靠地推断出循环分类单元顺序和相容的“点丛树”（tree-of-blobs）结构，从而有效地充当一种保守的正则化器，优先考虑强烈的网状信号而非复杂的重叠进化历史。
本研究通过使用新的 Python 库“treeshapy”对超过 4500 万棵经验树中的 54 种系统发育树形状指数进行大规模评估，揭示了诸如根敏感性、规模依赖性和指数冗余性等关键陷阱，旨在为未来更谨慎且有效的树形状分析提供指导。
本研究表明，尽管变分自编码器具有建模上位效应相互作用的潜力，但其解码过程中固有的信息丢失使其无法准确重建祖先序列，因为它们始终被标准的基于似然法和简约法的方法所超越。
作者们介绍了 TimeFIG，这是一个整合了遗传、分布范围和古地理数据的贝叶斯系统发育框架，用于在无需化石的情况下同时推断分歧时间、祖先分布范围和多样化速率，并揭示了岛屿隔离与年龄如何驱动夏威夷 *Kadua* 辐射演化的动态过程。
本研究基于对 Sicyoidochytrium minutum DNA 病毒及其相关序列的发现，提议在巨噬病毒纲（Megaviricetes）中建立一个新的病毒目——Ariadnavirales，这些序列因丢失了自身的复制和转录机制，展现出向依赖宿主细胞核进行复制和转录的独特进化转变。